Pentru implementarea strategiei naționale de vaccinare împotriva COVID-19 începând din decembrie 2020, la sediul a șapte structuri  din subordinea Direcției medicale se asigură recepția și depozitarea, în condiții specifice de temperatură, a vaccinurilor împotriva COVID-19 distribuite țării noastre în baza contractelor încheiate la nivelul Uniunii Europene. Astfel, la sediul Institutul Naţional de Cercetare-Dezvoltare Medico-Militară "Cantacuzino" funcționează Centrul Național de Depozitare iar 6 spitale militare au rolul de Centre Regionale de Depozitare, după cum urmează:
-              Spitalul Clinic Militar de Urgenţă "Dr. Iacob Czihac" Iași,
-              Spitalul Clinic Militar de Urgenţă "Dr. Constantin Papilian Cluj-Napoca,
-              Spitalul Militar de Urgenţă "Dr. Alexandru Gafencu" Constanţa,
-              Spitalul Clinic de Urgenţă Militar "Dr. Ştefan Odobleja" Craiova,
-              Spitalul Militar de Urgenţă "Regina Maria" Braşov,
-              Spitalul Clinic Militar de Urgenţă "Dr. Victor Popescu" Timişoara.